იაკობ გოგებაშვილი დაიბადა სოფელ ვარიანში (ახლანდელი გორის რაიონი). სწავლობდა გორის სასულიერო სასწავლებელში, შემდეგ თბილისის სასულიერო სემინარიაში (1855-61). სწავლა განაგრძო კიევის სასულიერო აკადემიაში. აკადემიაში სწავლის დროს გაეცნო მსოფლიოს გამოჩენილ მოაზროვნეთა (ლოკის, რუსოს, ფოხტის, ჰუმბოლტდის, სპენსერის, შლოსერის, კომენსკის, პესტალოცის და სხვ.) თხზულებებს, რომლებმაც დიდი ცოდნა შესძინეს. სუსტი ჯანმრთელობის გამო აკადემიის სრული კურსი ვერ დაასრულა და 1862 წ. საქართველოში დაბრუნდა. 1863-75 წ.წ. ეწეოდა პედაგოგიურ მოღვაწეობას, ილაშქრებდა მოსწავლეთა ფიზიკური დასჯისა და სემინარიის მკაცრი რეჟიმის წინააღმდეგ, მოითხოვდა ბავშვთა ინიციატივისა და თვითმოქმედების წახალისებას, რისთვისაც აუკრძალეს პედაგოგიური საქმიანობა და დაითხოვეს სამსახურიდან. ამის მიუხედავად უკან არ დაუხევია, მხარში ამოუდგა ი.ჭავჭავაძეს და აქტიურად ჩაება ეროვნულ-განმათავისუფლებელ მოძრაობაში. მონაწილეობდა ი.მამაცაშვილის ლიტერატურულ სალონში, რომელმაც ხელი შეუწყო ქართველთა შორის წერა-კითხვის გამავრცელებელი საზოგადოების დაარსებას, იყო ამ საზოგადოების გამგეობის აქტიური წევრი (1879 წლიდან). მისი მონაწილეობით შედგა საზოგადოების პროგრამა ხალხური შემოქმედების შეგროვებისათვის და პროექტები საქართველოს სხვადასხვა რაიონში სახალხო სკოლებისა და ბიბილიოთეკების გახსნისა.